سیستم های یکپارچه فقط از یک پایگاه داده استفاده می کنند، در حالی در سیستم های MIS هر نرم افزار دارای یک سیستم پایگاه داده جداگانه می باشد. هر چند در سیستم های MIS میزان این پایگاه داده هایی که به صورت جداگانه هستند با یک دیگر لینک می باشند ولی در سیستم های یکپارچه سرعت و عملکرد تحلیل داده به مراتب قوی تر می باشد.
در نرم افزار های یکپارچه خروجی هم بر مبنای فرآیند و هم اجزا وظیفه ای هر قسمت کسب و کار صورت می گیرد در صورتی که در سیستم های MIS فقط بر مبنای اجزا وظیفه ای کسب و کار می باشد.